В переговорах участвуют заместитель главы российского МИД Игорь Моргулов и его японский коллега Синсукэ Сугияма.
Стороны рассчитывают, что на встрече удастся согласовать дальнейшие этапы обсуждения вопроса Курильских островов.
Это ключевой вопрос в ходе переговоров о заключении мирного договора между двумя странами.
О возобновлении диалога лидеры России и Японии договорились в апреле во время первого за 10 лет визита официального визита в Россию главы японского правительства Синдзо Абэ.
Кроме того, о продлении переговоров Путин и Абэ говорили во время саммита G8 в Лох-Эрне.
Тогда, как было объявлено после встречи, руководители двух государств дали указания министерствам иностранных дел "активизировать работу по выходу на взаимоприемлемое решение".
Спорные острова
Спор о принадлежности островов продолжается с конца Второй мировой войны.
Япония претендует на острова Курильской гряды Итуруп, Кунашир, Шикотан и Хабомаи, ссылаясь на Симоносекский трактат 1855 года.
Россия настаивает на том, что острова принадлежат ей, ссылаясь в качестве основного аргумента на недопустимость пересмотра итогов Второй мировой войны.
В ходе визита Синдзо Абэ о проблеме островов говорили сравнительно немного.
С обеих сторон отношение к этой проблеме довольно напряженное. По окончании переговоров в Москве, когда Путину на пресс-конференции задали вопрос об островах, он ответил в довольно жестких выражениях.
"Если вы хотите нам помочь, то это возможно: нужно создавать для этого условия - доброжелательного отношения и обстановки доверия. Если вы хотите помешать - что тоже возможно - то можете продолжать задавать жесткие прямые вопросы, на которые всегда будете получать такие же жесткие прямые ответы", - сказал президент России.
По словам Путина, эта проблема досталась из прошлого, и нет оснований говорить, что она будет решена в ближайшее время, если, по его словам, последние 68 лет этого сделать не удавалось.
Российские официальные лица несколько раз посещали острова в последние годы, и каждый раз такая поездка сопровождалась негативной реакцией со стороны Японии.