Латинское христианство, которое распространилось почти на всю Европу и во главе которого стоял папа римский, погрязло в кризисе власти, с соперничающими папами в Риме и Авиньоне. Между тем, религиозные инакомыслия, которые царили в Богемии, переросли в полномасштабный национальный бунт против Римской Церкви, прежде чем представители богемской знати нашли компромисс с папством.
Вторая ветвь христианства доминировала на юго-восточной и восточной окраинах Европы: православие. С Константинополем в качестве его центра и греческим богослужебным языком. Православная церковь официально откололась от Римско-Латинской Церкви в 1054 году.
С территории Византийской империи греческое православие распространилось в Болгарию, Румынию и Русь, став в конечном итоге официальной религией Руси.
В начале XV века православие находилось в осаде, так как ее главный оплот – Византийская империя была практически разгромлена, а ее земли сократились до территории Фракии и небольшой территории Пелопонесского полуострова. Главной причиной этого стало нашествие турков-осман. Попытка воссоединения с Римом, согласованная на Флорентийском соборе в 1439 году, была отвергнута православными верующими. После взятия Константинополя турками в 1453 году, греческое православие стало частью церковного меньшинства в Османской империи, а мантия апостольского преемства, в XVI веке, перешла к московскому патриарху.
Третья ветвь христианства, восточное православие или группа восточных христианских церквей, которая находилась в Африке и Азии. Доктринально восточное православие отличалось от латинского христианства тем, что отвергало догму Халкидонского Собора (451 года), которая определяла Христа как обладающего двумя полными естествами – полностью человеческой и полностью Божественной. Вместо этого эти церкви утверждали, что божественное и человеческое объединены в одном Христе. Но и эта ветвь христианства делилось дальше по географическому и этническому признакам.
Одной из церквей восточного православия является Армянская церковь. Будучи самой древней христианской национальной Церковью, армянское христианство заявило о своем сильном присутствии в Иерусалиме, хотя независимая Армения пала под монгольскими нападениями и была разделена между Османской империей и империей Сефевидов в начале новой эры.
Сирийское христианство представляло собой еще одну ветвь в восточных церквях, с центрами в Антиохии, Алеппо и Багдаде, откуда оно распространилось на восток к западному побережью Индии и Китая.
Несмотря на отсутствие политической власти, восточные христиане были сплоченными и сильными этнорелигиозными общинами и сумели сохранить свою идентичность под исламским правлением на протяжении раннего нового периода. Основная агрессия, с которой столкнулись восточные христианские церкви, по сути, исходила от католицизма, так как члены этих церквей стали главными мишенями для обращения католических миссионеров в XVI и XVII веках.
Подобно тому, как политическая власть превратила христианство в мировую религию с обращением Константина в четвертом веке, историю христианства в начале новой эры невозможно понять, не зная глубоких связей христианской религии с христианским устоем.