Учреждение, действующее в Военной академии Литвы им. Генерала Йонаса Жемайтиса, подвластно Министерству обороны, центр несет ответственность за безопасность кибернетического пространства Литвы, также координирует работу других учреждений во время кибернетических атак. Специалисты центра чаще всего первыми замечают атаки на другие учреждения, и первыми об этом информируют.

По утверждению министра обороны Юозаса Олекаса, меняющаяся ситуация в области безопасности выявляет значение кибернетической безопасности. На недавно прошедшем саммите НАТО в Варшаве кибернетическая оборона была признана отдельным пространством безопасности вместе с сушей, морем и воздухом.

Появлению НЦКБ способствовал закон о кибернетической безопасности, вступивший в силу в январе 2015 года. Центр создан после реорганизации Службы связей и информационных систем Министерства обороны.

По данным Службы регулирования связей, в первую четверть этого года было исследовано 12 тысяч кибернетических инцидентов, по сравнению с последней четвертью 2015 год, это число выросло на 13%. В этом году целью кибернетических атак стали Сейм, Президентский дворец, Министерство иностранных дел, Объединенный штаб армии.