Как предлагалось и раньше, в столице остаются Вильнюсский университет и Вильнюсский технический университет им. Гедиминаса, а также Литовская академия музыки и театра и Вильнюсская академия искусства.
Вильнюсский университет должен учредить отделение для подготовки педагогов, а Шяуляйский университет стал бы отделением Вильнюсского университета в Шяуляй, где был бы учрежден цен подготовки педагогов.
Изменились планы относительно Университета им. Миколаса Ромериса – раньше предлагалось его присоединить к Вильнюсскому университету, а сейчас – к Вильнюсскому техническому университету им. Гедиминаса.
В Каунасе после реформы остались бы три вуза: Университет Витаутаса Великого, Каунасский технологический университет и Литовский университет наук здоровья, хотя раньше здесь планировалось учредить в городе один университет широкого спектра.
Согласно плану Министерства образования и науки, к Университету Витаутаса Великого присоединились бы Литовский эдукологический университет и Университет им. Александраса Стульгинскаса. Объединенный университет осуществлял бы свою деятельность в Каунасе, а для студентов реорганизованного Литовского эдукологического университета, начавших учебу в Вильнюсе, были бы созданы возможности закончить учебу в столице.
Также планируется укрепить Каунасский технологически университет, а Литовский университет спорта присоединить к Литовскому университету наук здоровья.
Клайпедский университет остается самостоятельным.