Учреждением центра и музея в Таллине занимается Эстонский институт исторической памяти, при посредничестве организаций по сохранению исторической памяти и исследовательских организаций из Польши, Латвии и Литвы.

Центр объединит экспертов, ученых, педагогов регионального и международного значения, которые будут проводить академические исследования и организовывать просвещение в вопросе истории коммунистических репрессий.Рядом с центром будет действовать музей "красного террора".

Литва намерена принять участие как в научной деятельности центра, так и в создании музея, сообщила пресс-секретарь Центра исследования геноцида и сопротивления жителей Литвы Моника Каряняускайте. По ее словам, учреждаемый в Эстонии центр стремится к международному статусу, "эстонцы очень хотят, чтобы литовские ученые активно сотрудничали, готовили публикации".

Центр исследования геноцида и сопротивления жителей Литвы планирует делегировать в Эстонию своих экспертов, помогать новому центру определить сферы исследований и тому подобное.