После окончания школы поступил во ВГИК. В 1992 году закончил режиссерский факультет ВГИКа. Актерским дебютом Охлобыстина стала картина «Нога» режиссера Никиты Тягунова; он получил приз за лучшую роль на фестивале «Молодость-91». Первый же его сценарий (к фильму «Урод», снятому Романом Качановым) номинировался на престижную премию «Зеленое яблоко, золотой листок».
Первая полнометражная режиссерская работа Охлобыстина – «Арбитр» с саундтреком групп «Пикник» и «Оберманекен» – получила награду «Кинотавр» в категории «Фильмы для избранных». В качестве сценариста Охлобыстин сотрудничал с МХАТом, также по его сценарию сняты культовый фильм «ДМБ», комедия «Даун Хаус», картины «Параграф 78», «Дом Солнца» и многие другие. Еще Охлобыстин написал сценарии и снял несколько фильмов из серии «Жития святых». Помимо многочисленных сценарных работ в начале 2000-х годов он опубликовал свою книгу в жанре фантастики «XIV принцип», вел колонку в мультимедийном сообществе «Сноб» и работал ведущим на радиостанции.
Начиная с 2005 года, Охлобыстин после длительного перерыва снова начал активно сниматься в кино. В фильме «Заговор» режиссера Станислава Либина он исполнил роль Григория Распутина. А в 2009 году вышли сразу несколько фильмов с его участием. Наиболее известны боевик «Пуля-дура» и историческая драма «Царь», где Охлобыстин сыграл царского шута Вассиана. С 2010 года снимается в главной роли в комедийном телесериале «Интерны». Также он принимает участие в озвучивании мультфильмов. Охлобыстин известен своей неординарной деятельностью в совершенно разных сферах. В 2010-2014 годах он занимал должность креативного директора компании «Евросеть», а в 2014-м стал креативным директором компании «Baon». В сентябре 2011 года на пресс-конференции в «Интерфаксе» заявил о готовности выдвинуть свою кандидатуру на пост Президента РФ в 2012 году, однако вскоре отказался от выдвижения.
В апреле 2012 года объявил о создании партии «Коалиция «Небо». В течение полугода вел неоднозначную программу «Первый класс» на Первом канале. Кроме того, в 2001 году Охлобыстин был рукоположен в священники в Ташкентской епархии. Однако в связи со здоровьем жены вынужден был вернуться в Москву. До 2005 года отец Иоанн служил в храме святителя Николая в Заяицком, расположенном на Раушской набережной Москвы-реки. После – в храме Софии Премудрости Божией на Софийской набережной. В 2005 в связи с финансовыми сложностями Охлобыстин снова вернулся в кинематограф. А позже, в 2009 году, по его собственной просьбе патриарх Кирилл временно запретил его для служения. При этом сам Охлобыстин не исключает мысль о том, чтобы вновь вернуться к священству.
Он с 1995 года женат на актрисе Оксане Арбузовой. В их семье шесть детей: Василий, Савва, Анфиса, Евдокия, Варвара и Иоанна. Сегодня Иван Охлобыстин продолжает свою творческую карьеру, живёт и работает в Москве.
