18 lipca 1570 r. w Wilnie zostało oficjalnie otwarte kolegium jezuitów. Jezuici zostali sprowadzeni do Wilna w 1569 r. przez bpa Waleriana Protasewicza. Organizatorem kolegium był Stanisław Warszewicki.

Było to trzecie z kolei (po kolegiach w Braniewie i Pułtusku) kolegium jezuickie w Rzeczypospolitej. Budynki kolegium zostały wzniesione obok kościoła św. Jana, który Zygmunt August przekazał jezuitom w 1571 r. W latach 1574-1579 rektorem kolegium był Piotr Skarga, który rozpoczął starania o przekształcenie kolegium w uniwersytet. Kolegium szybko uzyskało prestiż, oferując wysoki poziom nauczania, stając się intelektualnym centrum Rzeczypospolitej.

1 kwietnia 1579 r. król Stefan Batory wydał akt erekcyjny i akt fundacyjny uniwersytetu, a na mocy tych aktów 30 kwietnia 1579 r. kolegium zostało przekształcone w Akademię Wileńską. 30 października 1579 papież Grzegorz XIII wydał bullę potwierdzającą akt erekcyjny. Uniwersytetowi nadano oficjalną nazwę Akademia i Uniwersytet Wileński Towarzystwa Jezusowego (łac. Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu).