Jednakże już w 1989 roku w środowiskach opozycyjnych pojawiły się poważne wątpliwości dotyczące przyczyn śmierć duchownych. Kreowane przez władze teorie stały bowiem w sprzeczności z ujawnionymi faktami, których nie udało się ukryć mimo śledztwa prowadzonego w kierunku udowodnienia przyjętego na wstepie założenia o nieszczęśliwych wypadkach. Nie bez znaczenia w tej sprawie było zaangażowanie kapłanów w działalność opozycyjną: ksiądz Niedzielak działał w konspiracji w Armii Krajowej i Zrzeszeniu Wolność i Niezawisłość, w latach 80. był współzałożycielem Stowarzyszenie Rodzina Katyńska w Warszawie; ksiądz Suchowolec udzielał się jako duszpasterz Konfederacji Polski Niepodległej i „Solidarności” w Białymstoku, ponadto propagował prawdę o śmierci ks. Popiełuszki, jawnie wskazując funkcjonariuszy SB jako winnych tej zbrodni. Przed śmiercią kapłani byli zastraszani, grożono im śmiercią, gdyby nie zaprzestali swoich działań, na księdza Suchowolca zaaranżowano również nieudany zamach. W kontekście śmierci kapłanów oraz późniejszego o pół roku równie tajemniczego zgonu księdza Sylwestra Zycha pojawiają się doniesienia o działającym w resorcie spraw wewnętrznych „komandzie śmierci”, wykonującym wyroki na osobach niewygodnych dla władz komunistycznych.
Przejęte przez Instytut Pamięci Narodowej archiwalia to akta Prokuratury Wojewódzkiej w Warszawie: 11 tomów akt (główne i podręczne) w sprawie zabójstwa księdza Niedzielaka (art. 148 § 1 kk) oraz 7 tomów akt w sprawie utrudniania w 1989 roku postępowania przygotowawczego prowadzonego w sprawie śmierci księdza Stanisława Suchowolca (art. 252 § 1 kk). Wymienione materiały są dostępne w Archiwum IPN pod sygnaturami IPN BU 3672/1-11 oraz IPN BU 3673/1-7.
Na podst. ipn.gov.pl
