Vykstant masiniams Lietuvos žmonių trėmimams, birželio 15 d. miestus, miestelius ir net kai kuriuos kaimus pasiekė LAF pasiuntiniai iš Kauno, kurie centrinei vadovybei pavaldžioms pogrindžio grupėms perdavė įsakymą pereiti į nelegalią padėtį, apsiginkluoti, slapstytis ir laukti signalo. Lietuvoje staiga atsirado daug prastokai ginkluotų partizanų būrių, kuriuos pastebėjo ir sovietinio saugumo organai. Lietuvą apskriejo slaptai perduodama žinia, kad birželio 16-26 d. galįs prasidėti karas tarp TSRS ir Vokietijos.
Sukilimas
Sukilimas įsipliekė pirmą karo dieną ir vyko savaitę – 22 – 28 d. Sukilėliai sudarė Lietuvos Laikinąją vyriausybę. 1941 m. birželio 23 d. rytą per Kauno radiją sukilėlių vadas Leonas Prapuolenis paskelbė apie Nepriklausomos Lietuvos valstybės atkūrimą ir Lietuvos Laikinosios Vyriausybės sudarymą (kartu buvo paskelbta ir vyriausybės sudėtis).
Kovos su besitraukiančiais Raudonosios armijos daliniais ir komunistų aktyvistais vyko ne tik Kaune, bet ir Vilniuje bei visoje Lietuvoje.
Lietuvoje vienintelėje iš sovietų okupuotų kraštų prasidėjus Vokietijos-Sovietų Sąjungos karui kilo ginkluotas sukilimas. Sukilimą organizavo Lietuvių aktyvistų frontas (LAF).
Sukilimo metu Lietuvoje prasidėjo žydų skerdynės - Holokaustas.
